Yaquisin kristinusko antoi uskonnollisen leviämisen vuonna 1609 tunkeutuen Sonoran alueelle.
Siirtomaa-ajan aikana Sonora vastasi vain Sierra Madre Occidentalin rinteitä, jotka sisältyivät kyseisen yksikön rajoihin. Yaqui-joelta pohjoiseen juoksevaa aluetta, mukaan lukien Real de la Cieneguilla, kutsuttiin Pimería Bajaksi ja pohjoisinta aluetta Realista Colorado-joelle - jo nykyisessä Pohjois-Amerikan Arizonan osavaltiossa - kutsuttiin Pimería Altaksi.
Nykyiseen Sonoranin alueeseen kuuluu myös pieni alue lounaaseen silloisesta Pimeríasta, joka sijaitsee Chihuahuan ja Ostimurin osavaltiossa, joka sijaitsee Kalifornianlahden rannikolla Mayo- ja Yaqui-jokien välissä.
Vuonna 1614 lähetyssaarnaajat Pérez de Rivas ja Pedro Méndez kristinuskoivat mayat Ostimurin alueella jakamalla tehtävän kolmeen piiriin: Santa Cruz (Mayon suulla), Navojoa ja Tesia.
Tepahues yhdistettiin Cornicarien kanssa vuonna 1620. Isä Miguel Godínez perusti San Andrés de Cornicarin ja Asunción de Tepahui -operaation. . Samana vuonna perustettiin San Ignacion rehtori, johon kuului viiden aiemmin mainitun tehtävän lisäksi Bacúmin, Torínin ja Rahúnin tehtävät, jotka sijaitsevat Yaquin suulla.
Vuonna 1617 vanhemmat Pérez de Rivas ja Tomás Basilio muuntivat Yaquisin. Huolimatta kansannousuista, mellakoista, kidutuksista ja murhista, Sonoran kääntyminen oli nopeampaa ja vakiintunutta. 1700-luvulle mennessä jesuiitat laajensivat ja perustivat Maycoban ja Yecoran tehtävän lounaaseen, mitä he tunsivat nimellä Chínipas.
Tehtävät Yaqui-joelta pohjoiseen jaettiin neljään rektorioon: San Borja ryhmitti tehtävät: Cucumaripa ja Tecoripa , perustettu vuonna 1619; Movas ja Onovas, vuonna 1622; Sahuaripa vuonna 1627; Matape vuonna 1629; Onapa vuonna 1677 ja Arivechi , Japanin kolmen pyhän marttyyrin rehtori, johon kuului vuonna 1627 perustettu Batuco, vuonna 1640 Oposura ja Bacadeguachi , Guazavat , Santa María Baceraca ja San Miguel Bavispe , perustettiin vuonna 1645. Ja San Javierin rehtori, joka integroi Uresin tehtävät vuonna 1636; Aconchi, Opodepe ja Banámichi vuonna 1639; Cucurpe ja Arizpe vuonna 1648 ja Cuaquiárachi vuonna 1655.
Vuonna 1687 lähetyssaarnaaja Eusebio Francisco Kino tuli Pimería Altaan ja aloitti Nuestra Señora de los Doloresin rehtorin tehtävät, perustamalla: Caborca, johon nimitettiin Francisco Javier Saeta, joka ylläpitää kirjeenvaihtoa hengellisellä tuella, isä Kino; Atil, Tubutama, Särkyjen Neitsyt Lady de Saric, Pitiquito, Aiil, Oquitoa, Magdalena, San Ignacio, Cocóspera ja Imuris.
Jesuiitojen karkottamisen jälkeen lähetystyöt olivat vastuussa fransiskaanien tehtävistä, jotka eivät enää rakentaneet ja rajoittuivat vain yrittämään säilyttää olemassa olevat. Kun jesuiitat olivat jo perustaneet siirtokuntia Sinaloaan ja Sonoraan, he käänsivät katseensa Kalifornian alueelle.
