Hidalgo lähti Aguascalientesiin ja suuntasi Zacatecasiin. Täällä todettiin, että tärkeimmät johtajat, parhaiden joukkojen ja rahojen kanssa, lähtivät Yhdysvaltoihin.
Jo matkalla kuninkaalliset vangitsivat heidät 21. maaliskuuta Norias del Bajánissa tai Acatita del Bajánissa. Hidalgo vietiin Monclovaan, josta hän lähti 26. maaliskuuta Alamon ja Mapimín kautta ja 23. päivänä hän tuli Chihuahualle. Sitten prosessi muodostettiin, ja 7. toukokuuta ensimmäinen lausunto tehtiin. Hidalgon kirkollinen luonne aiheutti hänen prosessinsa viivästymisen enemmän kuin hänen toverinsa.
Alentamisrangaistus julistettiin 27. heinäkuuta ja 29. heinäkuuta se teloitettiin kuninkaallisessa sairaalassa, jossa Hidalgo vangittiin. Sotaneuvosto tuomitsi vangin asetettavaksi aseisiin, ei julkisiin tiloihin, kuten hänen toverinsa, ja ampumiselle hänet rintaan eikä taakse, mikä säilytti hänen päänsä. Hidalgo kuuli lauseen rauhallisesti ja valmistautui kuolemaan.
Hänen viimeistä päivää on kuvattu seuraavasti: ”Palattuaan vankilaansa hänelle tarjottiin suklaa-aamiainen, ja kun hän otti sen, hän pyysi, että hänelle annettaisiin veden sijasta lasillinen maitoa, jonka hän viimeisteli ylimääräisellä ruokahalulla ja mielihyvällä. Hetkeä myöhemmin hänelle kerrottiin, että oli tullut aika mennä kidutukseen; Hän kuuli sen ilman muutoksia, nousi jaloilleen ja ilmoitti olevansa valmis lähtemään. Itse asiassa hän tuli ulos kamalasta kuutiosta, jossa hän oli, ja edennyt viisitoista tai kaksikymmentä askelta siitä, hän pysähtyi hetkeksi, koska vartijan upseeri oli pyytänyt häntä, oliko hänelle tarjottu mitään hävitettäväksi viimeisenä; Tähän hän vastasi, että kyllä, hän halusi heidän tuovan hänelle makeisia, jotka hän oli jättänyt tyynyihinsä: he tosin toivat ne ja jaettuaan ne samojen sotilaiden kesken, joiden piti sytyttää hänet ja marssia hänen takanaan, hän kannusti ja lohdutti heitä anteeksiantoaan ja hänen suloisimmat sanansa tehdä työnsä; Ja koska hän tiesi hyvin, että häntä oli käsketty ampumatta päänsä, ja hän pelkäsi kärsivänsä paljon, koska oli vielä hämärää ja esineitä ei ollut selvästi nähtävissä, hän totesi lopuksi sanoen: "Oikea käsi, jonka laitan rintaani, tulee olemaan , lapseni, turvallinen kohde, johon sinun on mentävä ”.
"Kidutuksen penkki oli sijoitettu sinne mainitun koulun sisätilaan, toisin kuin mitä tehtiin muiden sankareiden kanssa, jotka teloitettiin pienellä aukiolla mainitun rakennuksen takana ja missä muistomerkki on tänään. se muistuttaa meitä hänestä ja uudesta ostoskeskuksesta, jolla oli hänen nimensä; Ja kun Hidalgo tiesi paikasta, jonne hän oli menossa, hän marssi tiukalla ja rauhallisella askeleella ja antamatta silmiensä silmät sidottu, rukoillen voimakkaalla ja kiihkeällä äänellä psalmi miserere me; Hän saapui telineeseen, suuteli häntä eronnut ja kunnioittavasti, ja huolimatta joistakin riidoista, jotka eivät saaneet häntä istumaan kääntyneellä selällä, hän otti istuimen edestä päin, pani kätensä sydämeensä, muistutti sotilaita, että tämä oli kohta, jossa heidän pitäisi ampua hänet, ja hetkeä myöhemmin räjähti viiden kiväärin purkaus, joista toinen lävisti oikean käden vahingoittamatta sydäntä. Sankari, melkein säälimätön, rasitti rukouksensa, ja heidän äänensä hiljeni, kun vielä viisi kiväärin kuonoa räjäytettiin jälleen, jonka luodit, kulkien ruumiin ohitse, rikkoivat siteet, jotka sitoivat hänet penkkiin, ja mies putosi verijärveen, hän ei ollut vielä kuollut; vielä kolme laukausta oli tarpeen sen kallisarvoisen olemassaolon toteamiseksi, joka oli kunnioittanut kuolemaa yli 50 vuoden ajan. "
Hänen päänsä Allenden, Aldamaan ja Jiménezin päähän asetettiin rautahäkkeihin Alhóndiga de Granaditasin kulmiin Guanajuatossa. Ruumis haudattiin San Francisco de Chihuahuan kolmanteen järjestykseen, ja vuonna 1824 tavaratila ja pää tuotiin Meksikoon haudattavaksi suurella juhlallisuudella.
