Mäen rinteille rakennetun kaupungin kaupunkirakenteen oli sopeuduttava maaston topografisiin näkökohtiin, vaikka se yritti kunnioittaa verkkomuotoa kuin shakkilauta.
Tämä näkökohta antoi lopulta sen kasvaa mitatulla ja harmonisella tavalla, mikä on vuosisatojen ajan säilyttänyt alkuperäisen luonteen. Sen perusta syntyi tarpeesta suojella ja suojella matkustajia, jotka kulkivat Zacatecasin ja silloisen Uuden Espanjan kuningaskunnan pääkaupungin välillä ja kuljettivat pääasiassa mineraaleja ja joita Chichimecan kansakunnan alkuperäiskansojen nomadit piirittivät. Noin 1542, Fray Juan de San Miguel perusti nykyisen kaupungin läheisyyteen kaupungin nimeltä Itzcuinapan, vihkimällä arkkienkeli San Miguelin suojeluspyhimykseksi. Tuolla alkeellisella väestöllä oli vakavia vesihuolto-ongelmia ympäröivien alueiden alkuperäiskhichimekojen jatkuvien ja väkivaltaisten hyökkäysten lisäksi. Tästä syystä Villa de San Miguelin asukkaat muuttivat asutusta muutama kilometri koilliseen; Se oli paikka, jossa Don Ángel de Villafañe perusti vuonna 1555 varakuningas Don Luis de Velascon pyynnöstä Villa de San Miguel el Granden. Varakuningas vaati myös, että espanjalaiset naapurit asettuivat sinne, joille annettaisiin maata ja karjaa, kun taas siellä asuneille alkuperäiskansoille anteeksi annettaisiin kunnianosoitus ja heidän omat päällikkönsä hallitsisivat tulevia kapinoita välttääkseen.
8. maaliskuuta 1826 osavaltion kongressi muutti siitä kaupungin ja muutti nimensä, josta vastedes tulee San Miguel de Allende, vuonna 1779 syntyneen kuuluisan kapinallisen kunniaksi.
Tämän viehättävän siirtomaa-kuvan sisällä on useita aikansa merkittäviä palatseja. Tunnetuimpia ovat kunnan palatsi, entinen kaupungintalo, joka rakennettiin vuonna 1736. Talo, jossa Ignacio Allende syntyi, esimerkki kaupungin barokkiarkkitehtuurista, erityisesti sen julkisivulta, ja joka on tällä hetkellä aluemuseo. Casa del Mayorazgo de la Canal, kauniilla uusklassisella julkisivulla, valmistui 1700-luvun loppupuolella, leppä, dekaani ja kuninkaallinen vänrikki José Mariano de la Canal y Hervas. Don Manuel T. de la Canalin vanha kartano, vuodelta 1735 peräisin oleva rakennus, joka kunnostettiin maineikkaan espanjalaisen arkkitehdin Don Manuel Tolsán vuonna 1809 toteuttaman projektin mukaisesti; rakennuksessa on tällä hetkellä Allende-instituutti, ja se korostaa sisäpihojen leveyttä, kaunista kappelia ja sen poikkeuksellisia kaaria. Inkvisiittorin talo, joka toimi Pyhän toimiston komissaarin asuinpaikkana ja joka on peräisin vuodelta 1780. 1700-luvun lopulla rakennettu Marqués de Jaral de Berrion talo ja Lojan kreivien talo tyylikkäällä julkisivulla.
Uskonnollisen arkkitehtuurin osalta kaupungissa on myös ainutlaatuisen arvokkaita arkkitehtonisia aarteita, kuten Santo Domingon kirkko ja luostari, raitti rakennus vuodelta 1737. Leal de la Concepciónin luostari, joka on nykyään kulttuurikeskus, Se on merkittävä rakennus valtavan pationsa vuoksi; Sen rakensi 1700-luvulla arkkitehti Francisco Martínez Gudlño.
Kappeli Santa Cruz del Chorro, yksi vanhimmista; kolmannen ritarikunnan temppeli, joka on peräisin 1700-luvun alusta. San Felipe Nerin temppelin ja oratorian kaunis kompleksi 1700-luvun alusta; kirkossa on ylenmääräinen barokkijulkisivu, joka on valmistettu vaaleanpunaisesta louhoksesta ja koristeltu voimakkaalla alkuperäiskansojen vaikutuksella. Sen sisätiloissa on monipuolinen ja runsas sisustus huonekalujen, veistosten ja maalausten välillä, jotka ansaitsevat ihailun, lisäksi upea kappeli Santa Casa de Loreto ja sen Camarín de la Virgen, sekä kauniisti sisustettu että johtuen marquis Manuel Tomás de la Canal. Oratorion lähellä on Our Lady of Health -temppeli, joka on rakennettu 1700-luvulla ja sen upotettu julkisivu kruunaa suuri kuori.
Myös kaupungin viehättävimpien joukossa on 1700-luvulta peräisin oleva San Franciscon temppeli kauniilla Churrigueresque-julkisivullaan, ja kuuluisa seurakunta on melkein San Miguel de Allenden symboli; Vaikka sen uusgoottilaistyylinen rakenne on uudempi, se rakennettiin vanhan 1600-luvun temppelin rakenteeseen kunnioittaen täysin sen sisustusta ja alkuperäistä suunnitelmaa.
Hyvin lähellä kaupunkia on Atotonilcon pyhäkkö, 1200-luvulta peräisin oleva raittiista mittasuhteista rakennus, joka näyttää linnoitukselta ja jonka sisällä on säilytetty arvokkaita saman vuosisadan maalauksia.
