Arkeologiset jäännökset Ixtépetestä, seremoniakeskuksesta lähellä Guadalajaran kaupunkia Zapopanin kunnassa, ja Atemajacin laaksossa yli kahdenkymmenen kuoppahaudan tuoreet havainnot antavat meille mahdollisuuden päätellä, että klassisella kaudella oli tärkeitä ammatteja (200 BC-650 jKr.)
Pian ennen valloitusta laaksossa asuivat suurimmaksi osaksi Cocas- ja Tecuexes-ryhmät, jotka kokoontuivat Tonallanin vallasta riippuviin pieniin kyliin ja joita Nuño Beltrán de Guzmán esitti ilman suurta vastarintaa vuonna 1530.
Seuraavan vuoden lopussa Guzmán ryhtyi valloitukseen pohjoista kohti, uskomalla Juan de Oñaten ylittämään Santiago-joen rotkon, ja löysi mahdollisuuksien mukaan, mutta varovasti, espanjalaisen väestön paljastamatta itseään. Niinpä 5. tammikuuta 1532 lähellä Nochistlánia, nykyisessä Zacatecasissa, perustettiin Guadalajara.
Uudisasukaisille epäedulliset olosuhteet aiheuttivat tämän kaupungin siirtymisen Tonaláan, mutta siellä oleskelu oli lyhytaikaista ja pian sen jälkeen, kun latinalaisamerikkalaiset asettuivat Tlacotanin lähelle, missä he pysyivät vuoteen 1541 saakka. Kapaksanien kapina tunnetaan paremmin Mixtónin sodana, joka Hän asetti Espanjan vallan vakavaan vaaraan ja pääsi Guadalajaran laitamille. Varakuningas Antonio de Mendozan johtaman voimakkaan armeijan "tulen ja veren" aiheuttaman kapinan myötä kaupunki saavutti rauhan, mutta jäi ilman alkuperäiskansojen työvoimaa, joten sen etsimiseksi he päättivät siirtää väestön, löytäen riittävän Valle de Atemajac, jossa viimeinen ja lopullinen säätiö tehtiin 14. helmikuuta 1542. Myöhemmin uutiset vahvistivat, että kuningas oli antanut sille kaupungin arvon ja etuoikeudet melkein kolme vuotta aiemmin.
Vuonna 1546 paavi Paavali III loi Nueva Galician piispakunnan ja vuonna 1548 perustettiin samanniminen Audiencia; Molempien lainkäyttöalueiden pääkonttori oli alun perin Compeptelassa, Tepicissä, kunnes vuonna 1560 määrättiin sen muutos Guadalajaraksi, jolloin siitä tuli laajan alueen oikeudellinen päämies, jota kutsuttiin sitten Audevia Guadalajaraksi, Nueva Galician kuningaskunnan pääkaupungiksi ja kotipaikka. piispakunnan. Koska jokainen espanjalainen kaupunki vedettiin shakkilaudaksi San Fernandon aukiolta ja tapana, Meksicaltzingon, Analcon ja Mezquitánin alkuperäiskansat jäivät suunnitelman ulkopuolelle. Franciscanit aloittivat evankeliointiprosessin, jota seurasivat augustinialaiset ja jesuiitat.
Vähitellen vaikeuksien ja takaiskujen, mutta myös menestysten myötä Guadalajara kasvoi ja vakiinnutti asemansa talous- ja valtakeskuksena niin paljon, että 1700-luvun puolivälissä huomattava määrä Guadalajaran varakkaita ihmisiä halusi Nueva Galician ja Nueva Vizcayan integroivan täysin ulkomaisen varakunnan. Uudelle Espanjalle, tavoitetta ei saavutettu vuoden 1786 poliittisten ja hallinnollisten uudistusten takia, jotka muuttivat alueellista rakennetta jakamalla koko varakunnan 12 kunnaksi, joista yksi oli Guadalajara.
Siirtomaa-ajan aikana, varsinkin 1700-luvulla, talouden puomi jätti arkkitehtonisen, kulttuurisen ja taiteellisen perinnön, jonka todistukset ovat edelleen koko kaupungissa.
Uudella Espanjan alueella juoksevat itsenäisyyttä kannattavat ilmailut tunkeutuivat Jaliscon alueelle, joten kun kunnan eri osissa puhkesi vapaussota, tapahtui kansannousuja.
26. marraskuuta 1810 Don Miguel Hidalgo, joka johti suurta armeijaa, tuli Guadalajaraan, ja José Antonio Torres otti hänet vastaan vähän ennen kaupunkia. Hidalgo antoi täällä asetuksen orjuuden poistamisesta, leimasi paperin ja alkabalat ja sponsoroi kapinallisten sanomalehtien El Despertador Americano painamista.
17. tammikuuta 1811 kapinalliset kukistettiin Calderón-sillalla ja Callejan kuninkaalliset joukot toipuivat Guadalajaran olettaen komennon José de la Cruz, joka piispa Cabañasin kanssa tuhosi kaikki kapinan puhkeamiset.
Itsenäisyysjulistus vuonna 1821, pystytettiin Jaliscon vapaa ja suvereeni valtio, jättäen Guadalajaran valtion pääkaupungiksi ja vallanpaikaksi.
Maan melkein koko 1800-luvulla vallinnut epävakaus, jota ulkomaiset hyökkäykset pahentivat, vaikeutti sitä, mutta ei estänyt valtiota ja etenkin sen pääkaupunkia jatkamasta kehitystä eri järjestyksissä. Konkreettisia esimerkkejä ovat: vuosisadan toisella neljänneksellä valtiotieteiden instituutin perustaminen; Taideteollisen korkeakoulun, kasvitieteellisen puutarhan, vankilan ja Betlehemin panteonin rakentaminen sekä ensimmäisten tehtaiden avaaminen.
Kahdeksankymmentäluvun alussa ilmestyi kaupunkien raitiovaunuja, joissa oli eläimiä, sähkövalo asennettiin vuonna 1884, vuonna 1888 saapui ensimmäinen Meksikon rautatie ja Manzanilloon vuonna 1909. 1990-luvulla Don Mariano Bárcena perusti Tähtitieteellisen observatorion ja teollisuusmuseo.
Vallankumouksen aikana Guadalajarassa tehtiin kapinallisia Díaz-diktatuuria vastaan, kuten työntekijöiden lakot ja opiskelijoiden mielenosoitukset, ja Madero otettiin jopa vastaan vuosina 1909 ja 1910 suurella myötätunnolla. Jälkimainingeissa ei kuitenkaan tapahtunut sotaa aiheuttavia tapahtumia. Toisaalta Guadalajaran pääkaupunki kärsi eräänlaisesta pysähtymisestä, joka päättyi vuonna 1930, kun Cristerosin sodan rikkomasta rauhasta oli sovittu, mikä aloitti modernisointihalun, joka ei ole päättynyt.
Katso myös Siirtomakaupungit: Guadalajara, Jalisco
