Syntynyt Comossa Italiassa vuonna 1702. Espanjassa, jonne hän saapuu pakenemaan Itävallan sodasta, hän saa laajat valtuudet kerätä Moctezuman jälkeläisten eläkettä Meksikon kuninkaallisissa Cajasissa.
Hän matkusti Uusi-Espanjaan vuonna 1736. Vierailunsa kahdeksan vuoden aikana hän omistautui tutkimaan Guadalupen Neitsyt-ilmestyksiä keräämällä huomattavaa graafista ja kuvamateriaalia. Se edistää Guadalupan-kuvan kruunumista, mikä aiheuttaa epäluottamusta viceregal-viranomaisiin. Hänet vangitaan ja hänen kokoelmansa riisutaan. Kuukausia myöhemmin, karkotettuaan Espanjaan, hän lähtee laivaan, joka joutuu Gibraltarilla hylkäävien merirosvojen käsiin.
Suurten teostensa ansiosta hän saapui Espanjaan ja otti yhteyttä keräilijään Mariano Fernández de Echeverríay Veytiaan, joka saavutti vapauttamisensa nimitettynä Intian kuninkaalliseksi aikakirjalliseksi, minkä Boturini kieltäytyi omistautumasta alkuperäiskansojen historian kirjoittamiseen. Vaikka hän ei koskaan palauttanut kokoelmaansa, hän kirjoitti siihen Intian museon luettelon. Hänen työnsä on erittäin omaperäinen ja hyvin dokumentoitu. Hän kuoli Madridissa epävarmana päivänä, vuosina 1750 ja 1755.
