Colegio de San Juan de Letrán aloitti kutsumalla itseään "Colegio para mestizos": ksi, ja se perustettiin vuonna 1548 niemimaan espanjalaisten aloitteesta, joiden mukaan Uudessa Espanjassa syntyneiden, koulutusta vaativien mestitsojen määrä kasvoi.
Colegio de San Juan de Letrán aloitti kutsumalla itseään "Colegio para mestizos": ksi, ja se perustettiin vuonna 1548 niemimaan espanjalaisten aloitteesta, joiden mukaan Uudessa Espanjassa syntyneiden, koulutusta vaativien mestitsojen määrä kasvoi.
Tämän laitoksen perustamiseksi he eivät pyytäneet varakuningas Antonio de Mendozan lupaa, vaan lähettivät edustajan Espanjaan saadakseen kuninkaan luvan, ja Don Gregorio de la Pesquera nimitettiin kyseiseen tehtävään. Tämä vastuuhenkilö sai kuninkaallisen todistuksen 18. elokuuta 1548 myönnetystä valtuutuksesta. Alun perin College hankki 600 tuhannen peson pelin kaivoksesta, yksityisistä avustuksista ja almuista.
Häntä johti kolme pappia: rehtori ja kaksi neuvonantajaa, rehtori voi kestää vuoden virassaan ja sitten kaksi muuta voivat miehittää pappilan. Lukemista, kristillistä oppia opetettiin, ja sitten edistyneempiä opiskelijoita rohkaistiin yliopistoon.
Koulu romahti 1700-luvun lopulla, säilyi itsenäistymiseen asti ja vuonna 1821 se sai suuren sysäyksen, mutta se lopulta katosi vuonna 1857. Se sijaitsi vanhalla Calle de San Juan de Letránilla nykyisen Calle de Venustiano Carranzan ja Maderon välissä jalkakäytävällä. Se oli itään koko kadun miehitetyn San Franciscon luostarin edessä.
